现今，光合细菌在水产养殖中的使用已经不是什么新鲜事情了，但是光合细菌在鱼苗培育上的利用还不常见。
能够培育出少生病甚至不生病的优质健康的鱼苗，才能扩大养殖规模。可是这件事说起来容易，做起来难，在育苗养殖的小小空间里，饲料、排泄物的沉积，有害气体的散发，造成水质难以保证，鱼也就难保不生病，病了当然就免不了用药。比如，一般养殖的小鱼苗由于频繁用药，很容易形成耐药性，如果鱼再得了病，使用同样剂量的药就达不到好的治疗效果。为了给鱼治好病，只好加大药量，这样一来，就形成了恶性循环。
要想让鱼少生病，甚至不生病，除了要做好防疫工作之外，还要饲喂营养全面的饲料，水质也要清新洁净。水产专家近年来发现，在养鱼的池水里泼洒光合细菌的效果很不错。
光合细菌在养殖中的作用，就相当于人喝的乳酸菌一样，把它泼洒在鱼池中，会在池水中形成一个有益的细菌团，那些有害的致病的细菌也就没有了立身之地。少了有害病菌的侵扰，鱼苗自然能健康的生长了。
光合细菌不只是培育池的“水质处理专家”，还可以当饲料使用。因为光合细菌通过生物转化，可以合成无毒、无副作用而且富含各类营养物质的菌体蛋白。我国的水产专家通过使用浓缩小球藻的光合细菌，搞密度培养出鱼幼苗的开口饵料——轮虫。轮虫是幼鱼爱吃的饵料，一般生长13天以后的小鱼喂食轮虫。轮虫不能直接投喂，在喂之前，还要作简单处理，就是将轮虫的外壳去掉，这样对幼鱼的消化有利。小鱼苗吃了经过处理的高营养并富含光合细菌的轮虫之后，体质会变得强壮，少得病，生长也快了。