食场消毒。要经常打捞食场的残渣剩饵，并每隔5天，用100～150克漂白粉或2.5～5千克生石灰加水溶化后，均匀泼洒于食场水面(未溶于水的漂白粉或生石灰颗粒都不要投入，以免草、鲤鱼当作饵料摄食后致死)。二是长期用药物挂袋(篓)，每袋中装漂白粉100～150克或生石灰1.5～2.5千克，20天左右换药1次，每天每个食场挂袋(篓)2～3个。
池水消毒。每间隔半月左右，按每亩水面水深1米，用生石灰20～25千克或漂白粉0.6千克溶水全池泼洒。池水长期浸泡苦楝树枝叶或樟树枝叶，也可预防草鱼出血、烂鳃、肠炎病的发生，每亩水面浸泡25～40千克。
内服消毒。饲喂鱼精料时，除无霉无毒外，还可制药饵让鱼服食。方法是每100千克草鱼，每10天用生大蒜1千克加食盐0.5千克，捣烂后加人10～20千克精饲料喂服，或用磺胺胍粉10～20克与0.5千克饲料拌匀后饲喂。以上两法都可有效地预防草鱼肠炎病的发生。