三毛金藻是一种广盐性藻类，其大量繁殖时，向水中分泌细胞毒素，进而使鱼类和水生动物中毒死亡。
三毛金藻是盐碱地区水产养殖的一大毒藻，鲢、鳙、鳊、草鱼、梭鱼、鲤、鲫、鳗、鳅等多种鱼类及用鳃呼吸的水生动物，从夏花到亲鱼均可受害。三毛金藻四季都有发生，最主要发生于春、秋、冬季，因这时的水温较低，耐低温的三毛金藻则成为优势种，引起危害。
鱼病特点中毒初期，鱼焦躁不安，呼吸频率加快，游动急促，方向不定；随后，反应逐渐迟钝，开始向鱼池的背风浅水角落集中，少数鱼静止不动，排列无规，受到惊扰即游向深水处，不久又返回；鱼体分泌大量黏液，胸鳍基部充血明显，逐渐各鳍基部都充血，鱼体后部颜色变淡，反应更为迟钝而平静，呼吸频率逐渐减少；随着中毒时间的延长，自胸鳍以后的鱼体麻痹、僵直，尾鳍、背鳍、腹鳍都不能摆动，只有胸鳍能摆动，但不能前进，触之无反应，鳃盖、眼眶周围、下颌、体表充血，红斑大小不一，有的连成片，鱼布满池的四角及浅水处，一般头朝岸边，排列整齐，在水面下静止不动，但不浮头，受到惊扰也毫无反应，这时鱼呼吸极其微弱，濒死前出现间歇性的挣扎呼吸，不久即失去平衡而死，但也有的鱼死后仍保持自然状态。
防治方法水中总氨含量超过0.25毫克/升时，三毛金藻不能成为优势种，因此定期（少量多次）向池中施铵盐类化肥，如尿素、氮水、氮磷复合肥以及有机肥等，使总氨稳定在0.25-1毫克/升，即可达到预防效果。
在pH值为8、水温20℃左右的盐碱地发病池早期，全池遍洒含氨20%左右的铵盐类药物（硫酸铵、氯化铵、碳酸氢铵）或放尿素，使水中离子铵达0.06毫克～0.1毫克/升，可使三毛金藻膨胀解体，直至全部死亡。铵盐类药物杀灭效果比尿素快，故效果更好。但鲻、棱鱼的鱼苗池不能用此方法。
发病鱼池早期，全池遍洒0.3%黏土泥浆水吸附毒素，在12小时～24小时内中毒鱼类可恢复正常，不污染水体，但三毛金藻不被杀死。